Verrechnungspreisbasierende Konfliktfelder können sich vor allem auf der steuerlichen Betrachtungsweise sowie der Motivationsebene (Gestaltungsparameter bei Anreizsystemen) ergeben.
Steuerlich motivierte Transferpreise sollten in einem Verrechnungspreissystem lediglich die externe Funktion der Erfolgszuweisung übernehmen. Aufgrund ihrer vorgeschriebenen Ermittlungsformen sind sie zur internen Unternehmenssteuerung nicht geeignet. Ihr Einsatz würde vor allem im Bereich der Organisation und Koordination zu suboptimalen Entscheidungen führen.
Die Hauptproblematik von steuerlich motivierten Transferpreisen liegt darin, dass viele Unternehmen diese, trotz ihrer Nichteignung, zur internen Unternehmenssteuerung einsetzen. Sie begründen ihre Anwendung damit, dass aufgrund der rechtlichen Einschränkungen kein Ermittlungsspielraum mehr gegeben ist und sich der steuerliche Verrechnungspreisansatz somit ideal zur internen Verwendung eigne. Gleichzeitig wird befürchtet, dass die Ermittlung von weiteren notwendigen Verrechnungspreisen zugleich mit zusätzlichen Kosten verbunden ist.
Werden steuerlich basierende Verrechnungspreise zur internen Steuerung verwendet, handelt es sich hierbei um eine suboptimale Lösung. Auch wenn die Begründung der rechtlichen Einschränkung zutrifft, sollte man den wirklichen Sinn und die Zielsetzung eines Verrechnungspreissystems verstehen. Werden ausschließlich steuerlich motivierte Verrechnungspreise verwendet, kann das Gesamtunternehmensziel nicht optimal erreicht werden.
Verrechnungspreise eignen sich als Bemessungsgrundlage für Anreizsysteme, jedoch müssen die Anforderungen gezielt erfüllt werden. Hierbei ist vor allem auf die richtige Wahl der Verrechnungspreismethode zu achten, da somit die direkte Beeinflussbarkeit sichergestellt wird.
Bei den Gestaltungsparametern wurde erwähnt, dass Verrechnungspreise in erster Linie zur Messung von Bereichsleistungen geeignet sind. Aus diesem Grund ist es ratsam, zusätzliche Indikatoren in die Bemessungsgrundlage einzubinden.
Würden Anreizsysteme ausschließlich auf zugrundeliegenden Verrechnungspreisen basieren, wäre deren langfristige Orientierung nicht mehr gegeben. Die Motivation würde in die falsche Richtung gelenkt werden. Eine kurzfristige Gewinnmaximierung in den einzelnen Bereichen wäre die Folge. Damit dies nicht der Fall ist, sollten zusätzliche Leistungsindikatoren in die Bemessungsgrundlage mit einbezogen werden. Da man anhand von Verrechnungspreisen lediglich den Bereichserfolg betrachtet, sollten die zusätzlichen Indikatoren die Leistung des Gesamtunternehmens messen.