Bei der Frage nach der idealen Organisation geht es in erster Linie darum, eine effektive Unternehmensstruktur zu finden, die eine effiziente Steuerung ermöglicht. Folglich ist die Ermittlung des optimalen Verrechnungspreises maßgeblich von der im Unternehmen gegebenen Organisationsstruktur abhängig.
Dezentral organisierte Unternehmungen setzten zur gezielten Steuerung meist Center-Konzepte ein. Dabei ist es ihnen selbst überlassen, mit welcher Verantwortung sie die Center ausstatten.
Da meist eine hohe Autonomie der einzelnen Divisionen angestrebt wird, sind Profit- und Investment-Center Organisationen sehr beliebt. Dies bedeutet jedoch nicht, dass es in einer Unternehmung z. B. keine Cost-Center gibt. Die Organisation ist dem Unternehmen / den Teilbereichen selbst überlassen. Somit können einzelne Profit-Center untergliederte Cost-Center besitzen. Wie bereits erwähnt, schafft eine sinnvolle divisionale Organisation die Grundlage für effizientes Handeln.
Nicht alle Verrechnungspreismethoden sind für alle Center-Konzepte geeignet. Grenz- und standardkostenbasierende Verrechnungspreise stellen zwar ein sehr gutes Koordinationsinstrument im Unternehmen dar, sie können jedoch nicht zur sinnvollen Steuerung von Profit-/Investment-Center verwendet werden. Dies bedeutet jedoch nicht, dass diese Verrechnungspreise in diesen Divisionen nicht verwendet werden.
Soll die effiziente Steuerung eines Unternehmens mithilfe von Verrechnungspreisen geschehen, ist es sinnvoll, sich zuerst die Frage nach dem angestrebten Bereichsziel bzw. nach der damit verbundenen Wahl der passenden Verrechnungspreismethode zu stellen und erst anschließend darauf aufbauend die Wahl der passenden Organisationseinheit vorzunehmen.
Die Wahl des idealen Verrechnungspreisansatzes hängt also zusätzlich von den Zielsetzungen der einzelnen Divisionen ab. Diese Ziele leiten sich jedoch wiederrum aus dem Gesamtunternehmensziel ab. Somit ergibt sich bei der Wahl des optimalen Verrechnungspreises ein Ziel- sowie Organisationskonflikt. Dieses Problem kann mithilfe von unterschiedlichen Verrechnungspreismethoden gelöst werden. Gleichzeitig muss erwähnt werden, dass der Einsatz von mehreren Verrechnungspreisansätzen in einer Division möglich ist. Es sollte nur eine sinnvolle Steuerung gewährleistet werden.